Công văn 4164/TCT-CS Quá trình kiểm tra trước hoàn thuế giá trị gia tăng

Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Long An

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 902/CT-KTT2 ngày 17/6/2015 của Cục Thuế tỉnh Long An vướng mắc trong quá trình kiểm tra trước hoàn thuế GTGT tại Công ty TNHH Kyowa Kako Việt Nam. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại điểm c Khoản 3 Điều 12 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế:

“c) Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có thực hiện đầu tư, mua sắm tài sản cố định, máy móc, thiết bị có giá trị từ 1 tỷ đồng trở lên ghi trên hóa đơn mua tài sản cố định, máy móc, thiết bị, kể cả hóa đơn mua tài sản cố định, máy móc, thiết bị trước khi thành lập (không bao gồm ô tô chở người từ 9 chỗ ngồi trở xuống của cơ sở kinh doanh không hoạt động vận tải, du lịch, khách sạn); tổ chức nước ngoài, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam theo hợp đồng nhà thầu, hợp đồng nhà thầu phụ”.

Tại Khoản 3 Điều 3 Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính sửa đổi, bổ sung Khoản 3, 4 Điều 12 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:

“3. Cơ sở kinh doanh đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế, bao gồm:

a) Doanh nghiệp, hợp tác xã đang hoạt động có doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ chịu thuế GTGT dưới một tỷ đồng đã thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, sổ sách, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật về kế toán, hóa đơn, chứng từ.

b) Doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh đang hoạt động nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ.

Doanh nghiệp mới thành lập có thực hiện đầu tư theo dự án đầu tư được cấp có thẩm quyền phê duyệt thuộc trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.

Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có dự án đầu tư không thuộc đối tượng được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư nhưng có phương án đầu tư được người có thẩm quyền của doanh nghiệp ra quyết định đầu tư phê duyệt thuộc đối tượng đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.

c) Doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập có thực hiện đầu tư, mua sắm, nhận góp vốn bằng tài sản cố định, máy móc, thiết bị, công cụ, dụng cụ hoặc có hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh.

d) Tổ chức nước ngoài, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam theo hợp đồng nhà thầu, hợp đồng nhà thầu phụ.

đ) Tổ chức kinh tế khác hạch toán được thuế GTGT đầu vào, đầu ra không bao gồm doanh nghiệp, hợp tác xã.

Doanh nghiệp, hợp tác xã hướng dẫn tại điểm a khoản này phải gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp chậm nhất là ngày 20 tháng 12 của năm trước liền kề năm người nộp thuế thực hiện phương pháp tính thuế mới.

Cơ sở kinh doanh hướng dẫn tại điểm b, c khoản này phải gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp. Khi gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT tới cơ quan thuế trực tiếp, cơ sở kinh doanh không phải gửi các hồ sơ, tài liệu chứng minh như dự án đầu tư được cấp có thẩm quyền phê duyệt, phương án đầu tư được người có thẩm quyền của doanh nghiệp ra quyết định đầu tư phê duyệt, hóa đơn đầu tư, mua sắm, hồ sơ nhận góp vốn, hợp đồng thuê địa điểm kinh doanh. Cơ sở kinh doanh lưu giữ và xuất trình cho cơ quan thuế khi có yêu cầu. Trường hợp cơ sở kinh doanh mới thành lập từ ngày 01/01/2014 chưa đủ điều kiện đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế theo hướng dẫn tại điểm b, c khoản 3 Điều 12 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính, nếu đáp ứng được các điều kiện hướng dẫn tại điểm b, c khoản này thì được áp dụng theo hướng dẫn tại điểm b, c khoản 3 Điều 12 Thông tư này”.

Tại công văn số 5485/BTC-TCT ngày 26/4/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn về đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp tính thuế đối với doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập:

“Khi gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế tới cơ quan thuế quản lý trực tiếp cùng với hồ sơ đăng ký thuế, doanh nghiệp, hợp tác xã đồng thời gửi đến cơ quan thuế phương án đầu tư được người có thẩm quyền ra quyết định đầu tư phê duyệt (bản photocopy có đóng dấu sao y bản chính) cùng với văn bản cam kết đầu tư; mua sắm tài sản cố định máy móc, thiết bị có giá trị từ 1 tỷ đồng trở lên trong thời gian 12 tháng. Trong thời gian 12 tháng, nếu doanh nghiệp, hợp tác xã chưa đủ điều kiện chứng minh giá trị tài sản đầu tư, mua sắm đạt mức 1 tỷ đồng hoặc trên 1 tỷ, doanh nghiệp, hợp tác xã không được phát hành hóa đơn”.

Tại công văn số 2616/TCT-CS ngày 10/7/2014 của Tổng cục Thuế hướng dẫn về phương pháp tính thuế GTGT của doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập

“4. Về đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế:

- Trường hợp doanh nghiệp thành lập từ dự án đầu tư trước ngày 01/01/2014 đang trong giai đoạn đầu tư, chưa có doanh thu thì doanh nghiệp tiếp tục áp dụng phương pháp khấu trừ thuế trong năm 2014.

- Trường hợp doanh nghiệp mới thành lập từ ngày 01/01/2014 có thực hiện đầu tư theo dự án đầu tư được cấp có thẩm quyền phê duyệt thuộc trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ thuế.

- Trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã mới thành lập từ ngày 01/01/2014 đến trước ngày 26/4/2014 có dự án đầu tư không thuộc đối tượng được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định của pháp luật về đầu tư nhưng có phương án đầu tư được người có thẩm quyền của doanh nghiệp ra quyết định đầu tư phê duyệt, chưa thông báo phát hành hóa đơn hoặc chưa mua hóa đơn bán hàng của cơ quan thuế để sử dụng thì thực hiện theo công văn số 5485/BTC-TCT ngày 26/04/2014 của Bộ Tài chính”.

Căn cứ hướng dẫn trên và theo nội dung trình bày tại công văn số 902/CT-KTT2 ngày 17/6/2015 của Cục Thuế tỉnh Long An, trường hợp Công ty TNHH Kyowa Kako Việt Nam (Công ty) được thành lập từ ngày 14/2/2014; ngày 25/3/2014 Công ty gửi thông báo đăng ký áp dụng phương pháp tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có kèm theo bảng cam kết sẽ mua sắm tài sản cố định, máy móc thiết bị có giá trị từ 1 tỷ đồng trở lên. Ngày 12/6/2014, Cục Thuế tỉnh Long An chấp nhận cho Công ty được áp dụng theo phương pháp khấu trừ từ tháng 05/2014, Công ty đang trong giai đoạn đầu tư, chưa phát sinh doanh thu thì Tổng cục Thuế thống nhất với ý kiến xử lý của Cục Thuế tại công văn số 902/CT-KTT2: Chấp thuận nội dung đăng ký phương pháp tính thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ của Công ty TNHH Kyowa Kako Việt Nam từ thời điểm Công ty mới thành lập, tháng 02/2014. Công ty được kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với hóa đơn đã đầu tư, mua sắm tài sản cố định, máy móc thiết bị từ Tháng 02/2014 nếu đáp ứng điều kiện khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế tỉnh Long An được biết./.