Công văn 6936/CT-QLTT ngày 18/09/2026 Thực hiện thống nhất nội dung trong giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng

 Kính gửi: Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương.

Căn cứ Điều 18, Điều 33 Luật Quản lý thuế số 108/2025/QH15; Điều 30 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP ngày 30/6/2026 của Chính phủ; Điều 48, Điều 49 Thông tư số 89/2026/TT-BTC ngày 30/6/2026 của Bộ Tài chính; khoản 3 Điều 1 Luật số 149/2025/QH15 và các quy định pháp luật có liên quan, Cục Thuế đề nghị Thuế các tỉnh, thành phố quán triệt và tổ chức thực hiện thống nhất các nội dung sau:

1. Nguyên tắc sử dụng thông tin rủi ro và phân loại hồ sơ hoàn thuế

Trong quá trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế, cần phân biệt rõ: (i) thông tin, cảnh báo rủi ro; (ii) kết quả Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định hồ sơ hoặc một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro trong quản lý thuế; và (iii) kết quả kiểm tra, xác minh xác định người nộp thuế không đáp ứng điều kiện hoàn thuế hoặc có hành vi vi phạm.

Thông tin, cảnh báo rủi ro liên quan đến người bán, hóa đơn hoặc chủ thể trong chuỗi cung ứng là dữ liệu đầu vào phục vụ đánh giá, phân loại rủi ro, lựa chọn nội dung cần rà soát, xác minh; không đồng nghĩa với giao dịch không phát sinh trên thực tế, hóa đơn không hợp pháp hoặc số thuế GTGT đầu vào tương ứng không đủ điều kiện hoàn.

Công tác phân loại hồ sơ hoàn thuế; xác định hồ sơ, số tiền cần yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu; xác định một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro được thực hiện trên Hệ thống thông tin quản lý thuế theo quy định tại Điều 48, Điều 49 Thông tư số 89/2026/TT-BTC và tiêu chí quản lý rủi ro.

Chỉ khi qua kiểm tra, xác minh hoặc theo kết luận của cơ quan có thẩm quyền có đủ căn cứ xác định hóa đơn không hợp pháp, giao dịch không phát sinh trên thực tế, người nộp thuế không đáp ứng điều kiện hoàn thuế hoặc có hành vi vi phạm thì cơ quan thuế thực hiện không hoàn, thu hồi số tiền đã hoàn và xử lý theo quy định pháp luật.

2. Xử lý hồ sơ hoàn thuế theo kết quả phân loại

a) Đối với hồ sơ thuộc trường hợp hoàn thuế trước:

- Trường hợp Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định một phần số tiền đề nghị hoàn trong hồ sơ có rủi ro trong quản lý thuế, cơ quan thuế ban hành thông báo phần số tiền đó thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế theo quy định tại Thông tư số 89/2026/TT-BTC.

- Phần số tiền còn lại tiếp tục được xử lý theo trình tự hoàn thuế trước và được hoàn khi đáp ứng đầy đủ điều kiện theo quy định. Trường hợp Hệ thống xác định một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro thì chỉ xem xét, xử lý đối với phần số tiền có rủi ro, không chuyển toàn bộ số tiền đề nghị hoàn sang diện kiểm tra trước hoàn, trừ trường hợp hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn theo quy định của pháp luật.

- Cơ quan thuế không chờ kết quả kiểm tra, xác minh phần số tiền có rủi ro mới giải quyết phần số tiền còn lại nếu phần số tiền này đã đủ điều kiện giải quyết theo trình tự hoàn thuế trước.

- Đối với phần số tiền thuộc diện kiểm tra trước hoàn, nội dung yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, kiểm tra, xác minh phải gắn với nội dung, giao dịch, hóa đơn và phần số tiền cần làm rõ; không mở rộng phạm vi chỉ vì phát sinh cảnh báo rủi ro tại một chủ thể trong chuỗi cung ứng, trừ trường hợp trong quá trình kiểm tra, xác minh phát hiện thêm dấu hiệu rủi ro hoặc thuộc trường hợp phải kiểm tra theo quy định.

b) Đối với hồ sơ thuộc trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế:

Cơ quan thuế thực hiện trình tự kiểm tra trước hoàn đối với hồ sơ theo quy định tại Điều 30 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP và Điều 48, Điều 49 Thông tư số 89/2026/TT-BTC; trên cơ sở kết quả kiểm tra, xác minh xác định rõ số tiền đủ điều kiện được hoàn, số tiền không được hoàn và số tiền chưa đủ điều kiện được hoàn theo quy định.

3. Sử dụng thông tin rủi ro của người bán và các chủ thể trong chuỗi cung ứng

Trong quản lý rủi ro theo số tiền, người bán trực tiếp xuất hóa đơn cho người nộp thuế đề nghị hoàn được xác định là F1. Thông tin rủi ro của F2, F3 và các cấp tiếp theo trong chuỗi cung ứng là dữ liệu đầu vào để Hệ thống thông tin quản lý thuế đánh giá, tổng hợp và quy đổi mức độ rủi ro về F1 theo tiêu chí, công thức quản lý rủi ro.

Trường hợp F2, F3 hoặc các cấp tiếp theo phát sinh thông tin, cảnh báo rủi ro, công chức không căn cứ riêng vào cảnh báo đó để xác định số thuế GTGT đầu vào tương ứng của người nộp thuế đề nghị hoàn thuộc diện kiểm tra trước hoàn hoặc không được hoàn. Phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro được xác định theo kết quả phân loại trên Hệ thống thông tin quản lý thuế và quy định của pháp luật.

Trường hợp F1 chưa phát sinh cảnh báo rủi ro nhưng F2, F3 hoặc chủ thể ở cấp tiếp theo trong chuỗi cung ứng có cảnh báo rủi ro, cơ quan thuế không căn cứ riêng vào cảnh báo tại F2, F3 để chuyển số thuế GTGT đầu vào tương ứng sang kiểm tra trước hoàn hoặc kết luận không đủ điều kiện hoàn. Thông tin này được sử dụng làm dữ liệu đầu vào để đánh giá, quy đổi rủi ro về F1 và lựa chọn nội dung cần rà soát, xác minh theo quy định.

Người bán hoặc chủ thể trong chuỗi cung ứng được xác định có rủi ro về hóa đơn, ngừng hoạt động và đang làm thủ tục chấm dứt hiệu lực mã số thuế, không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký, giải thể hoặc chấm dứt hoạt động là thông tin phục vụ quản lý rủi ro; không phải là căn cứ để kết luận giao dịch không phát sinh trên thực tế, hóa đơn không hợp pháp, hồ sơ không đủ điều kiện hoàn thuế hoặc thu hồi số thuế đã hoàn.

4. Người bán kê khai, nộp thuế GTGT và sử dụng thông tin này trong quản lý rủi ro

Khoản 3 Điều 1 Luật số 149/2025/QH15 đã bãi bỏ điểm c khoản 9 Điều 15 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 về điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế”, có hiệu lực từ ngày 01/01/2026. Vì vậy, đối với kỳ hoàn thuộc phạm vi áp dụng của quy định hiện hành, người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT không còn là điều kiện để xác định quyền hoàn thuế GTGT của bên mua. Đối với kỳ hoàn trước ngày 01/01/2026, áp dụng quy định pháp luật có hiệu lực tại kỳ hoàn tương ứng.

Bãi bỏ điều kiện nêu trên không có nghĩa là thông tin người bán chưa kê khai hoặc chưa nộp thuế không được sử dụng trong quản lý rủi ro. Cơ quan thuế sử dụng thông tin này cùng với các thông tin, dữ liệu khác để đánh giá rủi ro, xác định nội dung cần rà soát, xác minh theo quy định; không căn cứ riêng vào thông tin này để kết luận bên mua không đủ điều kiện hoàn thuế.

5. Rà soát, xác minh thông tin theo chuỗi cung ứng

Đối với công tác rà soát, xác minh hóa đơn theo chuỗi cung ứng đang thực hiện theo Công văn số 4728/CT-QLTT ngày 28/10/2025 và các hướng dẫn nghiệp vụ liên quan, Thuế tỉnh, thành phố tiếp tục thực hiện đối với các nội dung còn phù hợp, đồng thời bảo đảm các nguyên tắc tại Công văn này.

Trường hợp cách thức xác định, sử dụng thông tin rủi ro tại F2, F3 hoặc các cấp tiếp theo theo hướng dẫn trước đây khác với nguyên tắc tại Công văn này thì thực hiện theo Công văn này. Thông tin cảnh báo rủi ro tại các cấp trong chuỗi được sử dụng để thu thập thông tin, đánh giá rủi ro, lựa chọn phạm vi rà soát, xác minh; không sử dụng riêng lẻ làm căn cứ tạm dừng giải quyết hoàn, chuyển toàn bộ số tiền sang kiểm tra trước hoàn, không hoàn hoặc thu hồi số tiền đã hoàn.

Yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, kiểm tra, xác minh phải đúng nội dung và phạm vi rủi ro cần làm rõ. Trường hợp trong quá trình xử lý phát hiện thêm dấu hiệu rủi ro thì cơ quan thuế tiếp tục mở rộng nội dung kiểm tra, xác minh theo quy định.

6. Trách nhiệm tổ chức thực hiện

a) Trưởng Thuế tỉnh, thành phố:

Chịu trách nhiệm tổ chức quán triệt, chỉ đạo, kiểm tra và giám sát thực hiện thống nhất các nội dung tại Công văn này; chỉ đạo rà soát các hồ sơ hoàn thuế tồn đọng, kéo dài có liên quan đến một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro hoặc thông tin cảnh báo rủi ro của người bán, chủ thể trong chuỗi cung ứng để xử lý theo đúng quy định, không để phần số tiền đã đủ điều kiện giải quyết bị kéo dài do chờ xác minh phần có rủi ro.

b) Trưởng Thuế cơ sở:

Tổ chức giải quyết hồ sơ theo đúng kết quả phân loại; phân công công chức thực hiện, theo dõi thời hạn giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu, kiểm tra, xác minh và tiến độ giải quyết từng phần số tiền; kịp thời tổng hợp, báo cáo các vướng mắc vượt thẩm quyền.

c) Công chức trực tiếp xử lý hồ sơ:

Thực hiện theo kết quả phân loại trên Hệ thống thông tin quản lý thuế; không tự suy diễn từ cảnh báo rủi ro của người bán hoặc chủ thể trong chuỗi để thay đổi kết quả phân loại; yêu cầu người nộp thuế giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu đúng nội dung, phạm vi cần làm rõ; cập nhật, lưu trữ đầy đủ kết quả rà soát, kiểm tra, xác minh trên hồ sơ và Hệ thống theo quy định.

7. Tiếp nhận, xử lý vướng mắc và tổ chức tuyên truyền

Các vướng mắc về tiêu chí quản lý rủi ro, phân loại hồ sơ đề nghị hoàn, phân loại phần số tiền có rủi ro và công cụ hỗ trợ được tổng hợp gửi Cục Thuế (Ban QLTT). Các vướng mắc về điều kiện, trình tự nghiệp vụ giải quyết hoàn thuế được tổng hợp theo đầu mối nghiệp vụ của Cục Thuế để hướng dẫn. Vướng mắc về kiểm tra, xác minh thực hiện theo quy trình và đầu mối kiểm tra.

Thuế tỉnh, thành phố tổ chức tuyên truyền, hỗ trợ người nộp thuế thống nhất theo tài liệu “Hướng dẫn một số nội dung trong giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng” do Cục Thuế công khai; bảo đảm giải thích rõ nguyên tắc cảnh báo rủi ro không đồng nghĩa với kết luận vi phạm, rủi ro được xử lý đúng phạm vi và phần số tiền đủ điều kiện được giải quyết theo quy định; đẩy mạnh tuyên truyền cho các Doanh nghiệp hoàn thuế không mua bán hóa đơn để hợp thức cho hàng hóa không có nguồn gốc, không mua bán hóa đơn để kê khống chi phí, không mua bán hóa đơn nhằm mục đích hoàn thuế...; không công khai tiêu chí, công thức chấm điểm quản lý rủi ro và các thông tin thuộc phạm vi nghiệp vụ nội bộ.

Cục Thuế đề nghị Thuế các tỉnh, thành phố nghiêm túc triển khai thực hiện./. 

HƯỚNG DẪN MỘT SỐ NỘI DUNG TRONG GIẢI QUYẾT HOÀN THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG

(Một số nội dung doanh nghiệp cần lưu ý về phân loại rủi ro theo phần số tiền đề nghị hoàn và giao dịch với người bán có dấu hiệu rủi ro)

Hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) có ý nghĩa trực tiếp đối với dòng tiền, hoạt động đầu tư, sản xuất, xuất khẩu và khả năng duy trì chuỗi cung ứng của doanh nghiệp. Việc giải quyết hoàn thuế cần bảo đảm đúng đối tượng, đúng số tiền, kịp thời theo quy định, đồng thời kiểm soát chặt chẽ các hành vi gian lận, sử dụng hóa đơn không hợp pháp hoặc giao dịch không có thật.

Để doanh nghiệp thuận lợi trong thực hiện và phối hợp với cơ quan thuế, Cục Thuế hướng dẫn thống nhất một số nội dung sau:

1. Cảnh báo rủi ro không đồng nghĩa với kết luận không được hoàn thuế

Thông tin, cảnh báo rủi ro về người bán, hóa đơn hoặc một chủ thể trong chuỗi cung ứng là thông tin phục vụ quản lý rủi ro, rà soát và xác minh. Cảnh báo rủi ro không tự động đồng nghĩa với việc giao dịch của doanh nghiệp mua hàng không có thật, hóa đơn không hợp pháp hoặc doanh nghiệp không đủ điều kiện hoàn thuế.

Việc xác định hồ sơ hoàn thuế, phần số tiền đề nghị có rủi ro được thực hiện trên Hệ thống thông tin quản lý thuế theo tiêu chí quản lý rủi ro và quy định tại Điều 30 Nghị định số 252/2026/NĐ-CP, Điều 48 và Điều 49 Thông tư số 89/2026/TT-BTC.

2. Trường hợp chỉ một phần số tiền trong hồ sơ đề nghị hoàn thuế có rủi ro

Đối với hồ sơ thuộc trường hợp hoàn thuế trước, nếu Hệ thống thông tin quản lý thuế xác định một phần số tiền đề nghị hoàn có rủi ro trong quản lý thuế thì cơ quan thuế thực hiện thông báo phần số tiền đó thuộc diện kiểm tra trước hoàn theo quy định.

Phần số tiền còn lại tiếp tục được xử lý theo trình tự của hồ sơ hoàn thuế trước nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện theo quy định. Việc một phần số tiền có rủi ro không làm toàn bộ số tiền đề nghị hoàn bị dừng xử lý.

Đối với hồ sơ thuộc trường hợp kiểm tra trước hoàn thuế theo quy định, cơ quan thuế thực hiện trình tự kiểm tra trước hoàn đối với hồ sơ và xác định số tiền đủ điều kiện được hoàn, không được hoàn hoặc chưa đủ điều kiện được hoàn theo kết quả kiểm tra, rà soát.

3. Trường hợp người bán hoặc chủ thể trong chuỗi cung ứng có dấu hiệu rủi ro

Việc người bán, nhà cung cấp cấp hai hoặc chủ thể khác trong chuỗi cung ứng bị cảnh báo rủi ro về hóa đơn, ngừng hoạt động, không hoạt động tại địa chỉ đã đăng ký, giải thể hoặc chấm dứt hoạt động là thông tin để cơ quan thuế đánh giá rủi ro và xác minh khi cần thiết; không phải là căn cứ để cơ quan thuế kết luận doanh nghiệp không được hoàn thuế hoặc phải hoàn trả số thuế GTGT đã được hoàn.

Cơ quan thuế xem xét trên cơ sở hồ sơ, hóa đơn, chứng từ, tính hợp pháp, tính có thật của giao dịch và việc doanh nghiệp đáp ứng các điều kiện hoàn thuế áp dụng tại kỳ hoàn thuế, thời điểm phát sinh giao dịch. Trường hợp qua kiểm tra, xác minh hoặc theo kết luận của cơ quan có thẩm quyền xác định hóa đơn không hợp pháp, giao dịch không có thật, doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện hoàn thuế hoặc có hành vi gian lận, thông đồng, sử dụng hóa đơn không hợp pháp thì xử lý theo quy định pháp luật.

4. Từ ngày 01/01/2026, người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT không còn là điều kiện hoàn thuế của bên mua

Khoản 3 Điều 1 Luật số 149/2025/QH15 đã bãi bỏ điểm c khoản 9 Điều 15 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 về điều kiện “người bán đã kê khai, nộp thuế GTGT theo quy định đối với hóa đơn đã xuất cho cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế”, có hiệu lực từ ngày 01/01/2026.

Theo đó, đối với kỳ hoàn thuộc phạm vi áp dụng của quy định hiện hành, việc người bán chưa kê khai hoặc chưa nộp thuế GTGT đối với hóa đơn đã xuất không phải là điều kiện để xác định quyền hoàn thuế của doanh nghiệp mua hàng. Doanh nghiệp vẫn phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện khác về hoàn thuế, hóa đơn, chứng từ và giao dịch theo quy định. Đối với kỳ hoàn trước ngày 01/01/2026, áp dụng quy định pháp luật có hiệu lực tại kỳ hoàn tương ứng.

5. Doanh nghiệp cần chuẩn bị và lưu giữ đầy đủ hồ sơ chứng minh giao dịch

- Kê khai trung thực, đầy đủ; chủ động kiểm tra, rà soát thông tin của người bán và các thông tin liên quan đến giao dịch, bảo đảm giao dịch mua bán hàng hóa, cung cấp dịch vụ là có thật và hóa đơn được lập, sử dụng đúng quy định;

- Lưu giữ đầy đủ hồ sơ, tài liệu chứng minh tính hợp pháp, có thật của giao dịch và điều kiện hoàn thuế, như hợp đồng, hóa đơn, chứng từ thanh toán, chứng từ giao nhận hàng hóa, vận chuyển, kho bãi, hồ sơ xuất nhập khẩu, hải quan và các tài liệu có liên quan phù hợp với tính chất từng giao dịch;

- Chủ động phối hợp với cơ quan thuế, cung cấp đầy đủ, kịp thời, nhất quán thông tin, hồ sơ, tài liệu và thực hiện giải trình khi có yêu cầu. Khi nhận được Thông báo yêu cầu giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu của cơ quan thuế, doanh nghiệp thực hiện giải trình, bổ sung trong thời hạn 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế ban hành Thông báo theo quy định tại Thông tư số 89/2026/TT-BTC.

6. Cơ quan thuế tập trung xác minh đúng nội dung, đúng phạm vi rủi ro

Cơ quan thuế thực hiện quản lý rủi ro để tập trung nguồn lực vào nội dung cần làm rõ, đồng thời xử lý phần số tiền không thuộc phạm vi rủi ro theo đúng trình tự pháp luật.

Đối với số tiền thuế GTGT đã hoàn, việc thu hồi chỉ thực hiện khi có căn cứ theo kết quả kiểm tra, xác minh hoặc kết luận của cơ quan có thẩm quyền xác định doanh nghiệp không đáp ứng điều kiện hoàn thuế hoặc có hành vi vi phạm theo quy định; không thu hồi chỉ vì người bán hoặc chủ thể khác trong chuỗi về sau phát sinh cảnh báo rủi ro, giải thể hoặc chấm dứt hoạt động.

KHI GẶP VƯỚNG MẮC, DOANH NGHIỆP CHỦ ĐỘNG LIÊN HỆ CƠ QUAN THUẾ

để được hướng dẫn, hỗ trợ và giải quyết kịp thời hồ sơ hoàn thuế.

CỤC THUẾ