Công văn 1441/LCA-QLDN2 ngày 29/06/2026 Hướng dẫn hoàn thuế giá trị gia tăng và ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp

Thuế tỉnh Lào Cai nhận được công văn số 05/2026_SBYB ngày 05/06/2026 của Công ty TNHH Erex Sakura Biomass Yên Bái (sau đây gọi tắt là “Công ty”) về việc hướng dẫn chính sách hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư và chính sách ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.

Về vấn đề này Thuế tỉnh Lào Cai có ý kiến như sau:

1. Về hoàn thuế Giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư

Tại điểm 2 khoản 2 Điều 15 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 ngày 26/10/2024 của Quốc hội quy định:

“2. Việc hoàn thuế đối với đầu tư được quy định như sau:

a) Cơ sở kinh doanh đã đăng ký nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế có dự án đầu tư (dự án đầu tư mới, dự án đầu tư mở rộng) theo quy định của pháp luật về đầu tư (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều hạng mục đầu tư, trừ trường hợp dự án đầu tư không hình thành tài sản cố định của doanh nghiệp) đang trong giai đoạn đầu tư hoặc dự án tìm kiếm thăm dò, phát triển mỏ dầu khí đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế giá trị gia tăng đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư mà chưa được hoàn thuế thì cơ sở kinh doanh thực hiện bù trừ với số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động sản xuất, kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng.

Trường hợp dự án đầu tư đã hoàn thành (bao gồm cả dự án đầu tư chia thành nhiều giai đoạn, hạng mục đầu tư có giai đoạn, hạng mục đầu tư đà hoàn thành) nhưng cơ sở kinh doanh chưa thực hiện hoàn thuế giá trị gia tăng phát sinh trong giai đoạn đầu tư (hạng mục đầu tư, giai đoạn đầu tư đã hoàn thành) thì cơ sở kinh doanh thực hiện nộp hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định trong thời hạn 01 năm kể từ ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn đầu tư, hạng mục đầu tư hoàn thành.

Ngày dự án đầu tư hoặc ngày giai đoạn, hạng mục đầu tư hoàn thành là ngày phát sinh doanh thu của dự án đầu tư hoặc ngày phát sinh doanh thu của giai đoạn, hạng mục đầu tư. Doanh thu quy định tại khoản này không bao gồm doanh thu phát sinh trong giai đoạn chạy thử, doanh thu hoạt động tài chính, thanh lý nguyên vật liệu của dự án đầu tư;”

Tại khoản 9 Điều 15 Luật Thuế GTGT số 48/2024/QH15 ngày 26/10/2024 đã được sửa đổi, bổ sung theo Luật số 149/2025/QH15 ngày 11/12/2025 của Quốc hội quy định:

“9. Cơ sở kinh doanh thuộc trường hợp hoàn thuế quy định tại Điều này phải đáp ứng điều kiện sau đây:

a) Cơ sở kinh doanh thuộc trường hợp được hoàn thuế theo quy định tại các khoản 1, 2, 3 và 4 Điều này phải là cơ sở kinh doanh nộp thuế giá trị gia tăng theo phương pháp khấu trừ thuế, lập và lưu giữ sổ kế toán, chứng từ kế toán theo quy định của pháp luật về kế toán; có tài khoản tiền gửi tại ngân hàng theo mã số thuế của cơ sở kinh doanh;

b) Đáp ứng quy định về khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào theo quy định tại khoản 2 Điều 14 và không thuộc trường hợp quy định tại khoản 3 Điều 14 của Luật này.”

Căn cứ quy định trên nêu và theo trình bày tại Công văn số 05/2026_SBYB ngày 05/06/2026 của Công ty TNHH Erex Sakura Biomass Yên Bái có dự án đang trong giai đoạn đầu tư chưa phát sinh doanh thu, đồng thời Công ty có phát sinh doanh thu từ hoạt động kinh doanh độc lập (tư vấn quản lý) thì Công ty thực hiện bù trừ số thuế giá trị gia tăng phải nộp của hoạt động kinh doanh độc lập với số thuế giá trị gia tăng đầu vào của dự án đầu tư. Sau khi bù trừ nếu số thuế giá trị gia tăng của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo quy định.

2. Về chính sách ưu đãi thuế Thu nhập doanh nghiệp

Tại khoản 4 Điều 20 Nghị định số 320/2025/NĐ-CP ngày 15/12/2025 của Chính phủ về miễn thuế, giảm thuế quy định:

“4. Thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế từ dự án đầu tư, trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong 03 năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ 04.

Trường hợp doanh nghiệp được cấp Giấy chứng nhận dự án ứng dụng công nghệ cao, Giấy chứng nhận doanh nghiệp công nghệ cao, Giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao, Giấy chứng nhận doanh nghiệp khoa học và công nghệ, Giấy xác nhận ưu đãi dự án sản xuất sản phẩm công nghiệp hỗ trợ sau thời điểm phát sinh thu nhập thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính kể từ năm được cấp Giấy chứng nhận, Giấy xác nhận ưu đãi. Trường hợp tại năm cấp Giấy chứng nhận, Giấy xác nhận ưu đãi mà chưa có thu nhập thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính kể từ năm đầu tiên có thu nhập, nếu trong 03 năm đầu kể từ năm được cấp Giấy chứng nhận, Giấy xác nhận ưu đãi mà doanh nghiệp không có thu nhập chịu thuế thì thời gian miễn thuế, giảm thuế tính từ năm thứ 04 kể từ năm cấp Giấy chứng nhận, Giấy xác nhận ưu đãi.”

Tại khoản 1 Điều 23 Nghị định số 320/2025/NĐ-CP ngày 15/12/2025 của Chính phủ về Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp quy định:

“Điều kiện áp dụng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp thực hiện theo quy định tại Điều 18 Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp.

1. Trong thời gian đang được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp nếu doanh nghiệp thực hiện nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh thì doanh nghiệp phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được ưu đãi thuế quy định tại các Điều 4, 19, 20 và 21 của Nghị định này với thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh không được ưu đãi thuế.

a) Trường hợp trong kỳ tính thuế, doanh nghiệp không hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế và thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế thì phần thu nhập của hoạt động sản xuất, kinh doanh ưu đãi thuế xác định bằng tổng thu nhập chịu thuế nhân với tỷ lệ phần trăm (%) doanh thu hoặc chi phí được trừ của hoạt động sản xuất, kinh doanh ưu đãi thuế so với tổng doanh thu hoặc tổng chi phí được trừ của doanh nghiệp trong kỳ tính thuế;

b) Trường hợp có khoản doanh thu hoặc chi phí được trừ không thể hạch toán riêng được thì khoản doanh thu hoặc chi phí được trừ đó xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu hoặc chi phí được trừ của hoạt động sản xuất, kinh doanh hưởng ưu đãi thuế trên tổng doanh thu hoặc chi phí được trừ của doanh nghiệp.

Căn cứ quy định nêu trên trường hợp Công ty đang trong thời gian được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, nếu Công ty thực hiện nhiều hoạt động sản xuất, kinh doanh thì Công ty phải hạch toán riêng thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp. Trường hợp không hạch toán riêng được thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh được hưởng ưu đãi thuế và thu nhập từ hoạt động sản xuất, kinh doanh không được hưởng ưu đãi thuế hoặc có khoản doanh thu hoặc chi phí được trừ không thể hạch toán riêng được thì thực hiện xác định phần thu nhập được hưởng ưu đãi thuế TNDN theo quy định tại khoản 1 Điều 23 Nghị định số 320/2025/NĐ-CP ngày 15/12/2025 của Chính phủ.

Trường hợp Công ty có dự án đầu tư (được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp) đang trong giai đoạn đầu tư, Công ty phát sinh khoản thu nhập của hoạt động tư vấn quản lý không liên quan đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của dự án đầu tư thì không đủ điều kiện áp dụng ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp cho khoản thu nhập này.

Đề nghị Công ty TNHH Erex Sakura Biomass Yên Bái nghiên cứu quy định của pháp luật được trích dẫn nêu trên và đối chiếu với tình hình thực tế, để thực hiện đúng theo quy định.

Thuế tỉnh Lào Cai trả lời Công ty TNHH Erex Sakura Biomass Yên Bái được biết và thực hiện./.